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Meccanica molecolare

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La Meccanica molecolare usa la Meccanica classica per modellare sistemi molecolari. L'Approssimazione di Born-Oppenheimer è ritenuta valida e l'energia potenziale di tutti i sistemi è calcolata in funzione delle coordinate nucleari utilizzando i campi di forza. La Meccanica molecolare può essere utilizzata per studiare sistemi molecolari di dimensioni e complessità varie: da sistemi biologici di piccole o grandi dimensioni, o assemblaggi di materiali con molte migliaia o addirittura milioni di atomi.

I metodi della Meccanica molecolare legati all'atomistica hanno le seguenti proprietà: Ogni atomo è simulato come una particella. Ad ogni particella è assegnato un raggio (tipicamente il Raggio di van der Waals), polarità, e una carica netta costante (generalmente derivata da calcoli quantistici e/o da esperimento). Le interazioni legate sono trattate come molle con una distanza di equilibrio uguale alla lunghezza del legame sperimentale o calcolato.

Varianti su questo tema sono possibili. Per esempio, molte simulazioni hanno storicamente utilizzato una rappresentazione dell'atomo unito in cui ciascun gruppo metilico terminale, o unità metilenica intermedia, era considerato una particella, e i grandi sistemi proteici sono comunemente simulati usando un modello di microsfera che assegna da due a quattro particelle per amminoacido.


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db/meccanica_molecolare.txt · Ultima modifica: 13/04/2019 16:06 (modifica esterna)