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La Storia dell'Indonesia è stata modellata dalla sua posizione geografica, dalle sue risorse naturali, da una serie di migrazioni e contatti umani, da guerre e conquiste, nonché da commercio, economia e politica. L'Indonesia è un paese arcipelagico di 17.000/18.000 isole (8.844 nominate e 922 abitate in modo permanente) che si estende lungo l'equatore nel Sud-est asiatico. La posizione strategica della linea di mare del Paese favoriva il commercio tra le isole e il commercio internazionale che, ha modellato fondamentalmente la storia indonesiana. L'area dell'Indonesia è popolata da popoli di varie migrazioni, creando una diversità di culture, etnie e lingue. La morfologia e il clima dell'arcipelago influenzarono in modo significativo l'agricoltura e il commercio e la formazione degli stati.

I resti fossilizzati di Homo erectus e i suoi strumenti, popolarmente noti come “Java Man”, suggeriscono che l'arcipelago indonesiano fosse abitato almeno 1,5 milioni di anni fa. Si ritiene che il popolo austronesiano, che costituisce la maggioranza della popolazione moderna, sia originario di Taiwan e arrivato in Indonesia intorno al 2000 a.C. A partire dal VII secolo d.C., il potente regno navale di Srivijaya prosperò portando con sé influenze indù e buddiste. Le dinastie agricole buddiste di Sailendra e Hindu Mataram prosperarono e declinarono nell'entroterra di Giava. L'ultimo regno non musulmano, il regno indù Majapahit, fiorì dal tardo XIII secolo e la sua influenza si estese su gran parte dell'Indonesia. La prima testimonianza delle popolazioni islamizzate in Indonesia risale al XIII secolo nel nord di Sumatra; altre aree indonesiane adottarono gradualmente l'Islam che divenne la religione dominante a Giava e Sumatra alla fine del XVI secolo. Per la maggior parte, l'Islam è sovrapposto e mescolato con le influenze culturali e religiose esistenti.

Europei, come i portoghesi, arrivarono in Indonesia dal XVI secolo, cercando di monopolizzare le piantagioni della preziosa noce moscata, dei chiodi di garofano e pepe cubico in Maluku. Nel 1602 gli Olandesi fondarono la Dutch East India Company (VOC) e divennero la potenza europea dominante nel 1610. In seguito al fallimento, il VOC fu formalmente sciolto nel 1800 e il governo dei Paesi Bassi pose le Indie orientali olandesi sotto il controllo diretto del governo. All'inizio del XX secolo, il dominio olandese si estese fino ai confini attuali. L'invasione giapponese e la successiva occupazione nel 1942-45 durante la Seconda Guerra mondiale posero fine al dominio olandese, e incoraggiarono il movimento indipendentista indonesiano precedentemente soppresso. Due giorni dopo la resa del Giappone nell'agosto del 1945, il leader nazionalista, Sukarno, dichiarò l'indipendenza e divenne presidente. L'Olanda cercò di ristabilire il suo dominio, ma nel dicembre del 1949 pose fine a una dura lotta armata e diplomatica, quando, di fronte alle pressioni internazionali, l'indipendenza indonesiana fu riconosciuta formalmente.

Un tentativo di colpo di stato nel 1965 portò a una violenta epurazione anti-comunista guidata dall'esercito, in cui morirono oltre mezzo milione di persone. Il generale Suharto sconfisse politicamente il presidente Sukarno e diventò presidente nel marzo 1968. La sua amministrazione del Nuovo Ordine raccolse il favore dell'Occidente, il cui investimento in Indonesia è stato un fattore importante nei successivi tre decenni di sostanziale crescita economica. Alla fine degli anni '90, tuttavia, l'Indonesia fu il paese più colpito dalla crisi finanziaria dell'Asia orientale, che portò alle proteste popolari e alle dimissioni di Suharto il 21 maggio 1998. La riforma, dopo le dimissioni di Suharto, ha portato a un rafforzamento dei processi democratici, tra cui un programma di autonomia regionale, la secessione di Timor Est e le prime elezioni presidenziali dirette nel 2004. L'instabilità politica ed economica, i disordini sociali, la corruzione, i disastri naturali e il terrorismo hanno rallentato i progressi. Sebbene le relazioni tra i diversi gruppi religiosi ed etnici siano in gran parte armoniose, il malcontento settario acuto e la violenza rimangono problematici in alcune aree.